- _ -

• _read_buff : Parser
• _sample : Writer
• _targ_index : Parser
• _targ_lengths : Parser

- a -

• ambig_mass : RoundParams

- b -

• bam : ReadHit
• bias_table : Library

- d -

• deletes : ReadHit

- f -

• first : ReadHit
• fld : Library

- i -

• in_file_name : Library
• inserts : ReadHit

- l -

• left : ReadHit
• len : Indel

- m -

• map_parser : Library
• mass : RoundParams
• mass_n : Library
• mass_var : RoundParams
• mate_l : ReadHit
• mismatch_table : Library

- n -

• n : Library
• name : ReadHit

- o -

• out_file_name : Library

- p -

• pos : Indel
• proc_in : ParseThreadSafety
• proc_on : ParseThreadSafety
• proc_out : ParseThreadSafety

- r -

• reversed : ReadHit
• right : ReadHit

- s -

• sam : ReadHit
• seq : ReadHit

- t -

• targ_id : ReadHit
• targ_table : Library
• tot_ambig_mass : RoundParams

- v -

• var_sum : RoundParams