Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget alphafold 🪢

Predice la estructura en 3D de cualquier proteína derivada de su secuencia de aminoácidos usando una versión simplificada del algoritmo AlphaFold2 de DeepMind, originalmente producido y publicado para AlphaFold Colab.
Resultado: Predicción de la estructura (en formato PDB) y el errór de alineación (en formato json).

Antes de usar gget alphafold por primera vez:

  1. Instale openmm v7.5.1 (o v7.7.0 para Python >= 3.10) ejecutando el siguiente comando desde la línea de comando:
    conda install -qy conda==4.13.0 && conda install -qy -c conda-forge openmm=7.5.1
    (reemplazar con openmm=7.7.0 para Python >= 3.10)
    Recomendación: siga con conda update -qy conda para actualizar conda a la última versión.
  2. Corre gget setup alphafold / gget.setup("alphafold") (ver también gget setup). Al ejecutar gget setup alphafold / gget.setup("alphafold") se descargará e instalará la última versión de AlphaFold2 alojada en el AlphaFold GitHub Repo. Puede volver a ejecutar este comando en cualquier momento para actualizar el software cuando hay una nueva versión de AlphaFold.

Parámetro posicional
sequence
Secuencia de aminoácidos (str), o una lista de secuencias (gget alphafold automaticamente usa el algoritmo del multímero si múltiples secuencias son ingresadas), o una ruta a un archivo formato FASTA.

Parámetros optionales
-mr --multimer_recycles
El algoritmo de multímero se reciclara hasta que las predicciones dejen de cambiar, el limite de ciclos esta indicado aqui. Por defecto: 3
Para obtener más exactitud, ajusta este limite a 20 (al costo de ejecuciones mas tardadas).

-o --out
Ruta a la carpeta para guardar los resultados de la predicción (str). Por defecto: "./[fecha_tiempo]_gget_alphafold_prediction".

Banderas
-mfm --multimer_for_monomer
Usa el algoritmo de multímero para un monómero.

-r --relax
Relaja el mejor modelo con el algoritmo AMBER.

-q --quiet
Uso limitado para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False.

plot
Solo para Python. plot=True provée una visualización interactiva de la predicción con el errór de alineación en 3D con py3Dmol y matplotlib (por defecto: True).

show_sidechains
Solo para Python. show_sidechains=True incluye las cadenas laterales de proteínas en el esquema (por defecto: True).

Ejemplo

# Predice la estructura de una proteína derivada de su secuencia de aminoácidos
gget alphafold MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH

# Encuentra secuencias similares previamente depositadas en el PDB para análisis comparativo
gget blast --database pdbaa MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH

# Busca los archivos PDB de estructuras similares resultantes de gget blast para comparar y obtener una medida de calidad del modelo predecido.
gget pdb 3UQ3 -o 3UQ3.pdb
gget pdb 2K42 -o 2K42.pdb

# Python
# Predice la estructura de una proteína derivada de su secuencia de aminoácidos
gget.alphafold("MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH")

# Encuentra secuencias similares previamente depositadas en el PDB para análisis comparativo
gget.blast("MAAHKGAEHHHKAAEHHEQAAKHHHAAAEHHEKGEHEQAAHHADTAYAHHKHAEEHAAQAAKHDAEHHAPKPH", database="pdbaa")

# Busca los archivos PDB de estructuras similares resultantes de gget blast para comparar y obtener una medida de calidad del modelo predecido.
gget.pdb("3UQ3", save=True)
gget.pdb("2K42", save=True)

→ gget alphafold produce la estructura predecida (en formato PDB) y el errór de alineación (en formato json) en una nueva carpeta ("./[fecha_tiempo]_gget_alphafold_prediction"). Este ejemplo demuestra como usar gget blast y gget pdb para correr un análisis comparativo. Los archivos PDB se pueden ver en 3D con RCSB 3D view, o usando programas como PyMOL o Blender. Para comparar múltiples archivos PDB, use RCSB alignment. Python también produce esquemas interactivos, los cuales se pueden generar de los archivos PDB y JSON, como es describido en gget alphafold FAQ Q4.

Tutoriales

🔗 Google Colab tutorial

🔗 Predicción de la estructura de proteínas con comparación con estructuras cristalinas relacionadas

🔗 gget alphafold - preguntas más frecuentes

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