✨ ¡Lo más reciente!

Versión ≥ 0.29.0 (25 de septiembre de 2024):

  • Nuevos módulos:
  • gget enrichr ahora también soporta especies además de humano y ratón (mosca, levadura, gusano y pez) a través de modEnrichR
  • gget mutate:
    gget mutate ahora fusionará secuencias idénticas en el archivo final por defecto. La creación de mutaciones fue vectorizada para disminuir el tiempo de ejecución. Se mejoró la verificación de la secuencia flanqueante para mutaciones no sustitutivas para asegurarse de que no se retenga ningún kmer silvestre en la secuencia que contiene la mutación. Se agregó varios nuevos argumentos para personalizar la generación de secuencias y la salida.
  • gget cosmic:
    Se agregó soporte para pantallas de genes así como dirigidas. El archivo CSV creado para gget mutate ahora también contiene información sobre mutaciones de proteínas.
  • gget ref:
    Se agregó opción de archivo de salida.
  • gget info y gget seq:
    Se cambió a la API POST de Ensembl para aumentar la velocidad (nada cambia en el front end).
  • Otros cambios "detrás de escena":

Versión ≥ 0.28.6 (2 de junio de 2024):

  • Nuevo módulo: gget mutate
  • gget cosmic: Ahora puedes descargar bases de datos completas de COSMIC utilizando el argumento download_cosmic
  • gget ref: Ahora puede obtener la ensambladura del genoma GRCh27 usando species='human_grch37'
  • gget search: Ajusta el acceso a los datos humanos a la estructura de la versión 112 de Ensembl (corrige issue 129)

Version ≥ 0.28.5 (May 29, 2024):

  • Retirado debido a un error con 'logging' en gget.setup("alphafold") + mutaciones de inversión en gget mutate solo invierten la cadena en lugar de también calcular la hebra complementaria

Versión ≥ 0.28.4 (31 de enero de 2024):

  • gget setup: soluciona el error con la ruta del archivo al ejecutar gget.setup("elm") en el sistema operativo Windows.

Versión ≥ 0.28.3 (22 de enero de 2024):

  • gget search y gget ref ahora también admiten hongos 🍄, protistas 🌝 y metazoos de invertebrados 🐝 🐜 🐌 🐙 (además de vertebrados y plantas)
  • Nuevo módulo: gget cosmic
  • gget enrichr: corrige puntos de dispersión duplicados en el gráfico cuando los nombres de las rutas están duplicados
  • gget elm:
    • Se cambió el nombre de la columna de resultados orto 'Ortholog_UniProt_ID' a 'Ortholog_UniProt_Acc' para reflejar correctamente el contenido de la columna, que son accesos de UniProt. 'UniProt ID' se cambió a 'UniProt Acc' en la documentación para todos los módulos gget.
    • Se cambió el nombre de la columna de resultados ortogonales 'motif_in_query' a 'motif_inside_subject_query_overlap'.
    • Se agregó información del dominio de interacción a los resultados (nuevas columnas: "InteractionDomainId", "InteractionDomainDescription", "InteractionDomainName").
    • La cadena de expresiones regulares para coincidencias de expresiones regulares se encapsuló de la siguiente manera: "(?=(regex))" (en lugar de pasar directamente la cadena de expresiones regulares "regex") para permitir capturar todas las apariciones de un motivo cuando la longitud del motivo es variable y hay son repeticiones en la secuencia (https://regex101.com/r/HUWLlZ/1).
  • gget setup: utilice el argumento out para especificar un directorio en el que se descargará la base de datos ELM. Completa esta solicitud de función.
  • gget Diamond: El comando DIAMOND ahora se ejecuta con el indicador --ignore-warnings, lo que permite secuencias de nicho, como secuencias de aminoácidos que solo contienen caracteres de nucleótidos y secuencias repetidas. Esto también es válido para las alineaciones DIAMOND realizadas dentro de gget elm.
  • Cambio de back-end de gget ref y gget search: la versión actual de Ensembl se obtiene del nuevo archivo de versión en el sitio FTP de Ensembl para evitar errores durante la carga de nuevos lanzamientos.
  • gget search:
    • Los resultados del enlace FTP (--ftp) se guardan en formato de archivo txt en lugar de json.
    • Se corrigieron enlaces URL al resumen de genes de Ensembl para especies con un nombre de subespecie e invertebrados.
  • gget ref:
    • Cambios de back-end para aumentar la velocidad.
    • Nuevo argumento: list_iv_species para enumerar todas las especies de invertebrados disponibles (se puede combinar con el argumento release para obtener todas las especies disponibles de una liberación específica de Ensembl)

Versión ≥ 0.28.2 (15 de noviembre de 2023):

  • gget info: devuelve un mensaje de error cuando el servidor NCBI falla por un motivo distinto a un error de recuperación (esto es un error en el lado del servidor en lugar de un error con gget)
  • Reemplace el argumento obsoleto 'texto' para los métodos de tipo find() siempre que se usen con la dependencia BeautifulSoup
  • gget elm: Elimina instancias de falsos positivos y verdaderos negativos de los resultados devueltos.
  • gget elm: agrega el argumento expand

Versión ≥ 0.28.0 (5 de noviembre de 2023):

  • Documentación actualizada de gget muscle para agregar un tutorial sobre cómo visualizar secuencias con diferentes longitudes de nombres de secuencia + ligero cambio en la visualización devuelta para que sea un poco más sólida ante diferentes nombres de secuencia
  • gget muscle ahora también permite una lista de secuencias como entrada (como alternativa a proporcionar la ruta a un archivo FASTA)
  • Permitir filtro de genes faltante para gget cellxgene (corrige error)
  • gget seq: permite nombres de genes faltantes (correccione [https://github.com/pachterlab/gget/issues/107](https://github.com/pachterlab/gget /números/107))
  • Nuevos argumentos para gget enrichr: use el argumento kegg_out y kegg_rank para crear una imagen de la vía KEGG con los genes del análisis de enriquecimiento resaltados (gracias a [este PR](https ://github.com/pachterlab/gget/pull/106) por Noriaki Sato)
  • Nuevos módulos: gget elm y gget Diamond

Versión ≥ 0.27.9 (7 de agosto de 2023):

  • Nuevos argumentos para gget enrichr: use el argumento background_list para proporcionar una lista de genes 'background'
  • gget search ahora también busca sinónimos Ensembl (además de nombres y descripciones de genes) para obtener resultados de búsqueda más completos (gracias a Samuel Klein por la sugerencia)

Versión ≥ 0.27.8 (12 de julio de 2023):

  • Nuevo argumento para gget search: especifique la versión de Ensembl desde la cual se obtiene la información con -r --release
  • Se corrigió un error en gget pdb (este error se introdujo en la versión 0.27.5)

Versión ≥ 0.27.7 (15 de mayo de 2023):

Versión ≥ 0.27.6 (1 de mayo de 2023) (TIRO debido a problemas con las dependencias -> reemplazada por la versión 0.27.7):

Versión ≥ 0.27.5 (6 de abril de 2023):

  • Se actualizó gget search para que funcione correctamente con la nueva versión de Pandas 2.0.0 (lanzado el 3 de abril de 2023), además de versiones anteriores de Pandas
  • Se actualizó gget info con nuevos banderas uniprot y ncbi que permiten desactivar los resultados de estas bases de datos de forma independiente para ahorrar tiempo de ejecución (nota: el indicador ensembl_only quedó obsoleto)
  • Todos los módulos gget ahora tienen una bandera -q / --quiet (para Python: verbose=False) para desactivar la información de progreso

Versión ≥ 0.27.4 (19 de marzo de 2023):

Versión ≥ 0.27.3 (11 de marzo de 2023):

  • gget info excluye los ID de PDB de forma predeterminada para aumentar la velocidad (los resultados de PDB se pueden incluir usando la marca --pdb / pdb=True).

Versión ≥ 0.27.2 (1 de enero de 2023):

Versión ≥ 0.27.0 (10 de diciembre de 2022):

  • Se actualizó gget alphafold para que coincida con los cambios recientes de DeepMind
  • Número de versión actualizado para que coincida con la edad de el creador de gget siguiendo una larga tradición de laboratorio de Pachter

Versión ≥ 0.3.13 (11 de noviembre de 2022):

Versión ≥ 0.3.12 (10 de noviembre de 2022):

  • gget info ahora también devuelve datos de localización subcelular de UniProt
  • El nuevo indicador gget info ensembl_only devuelve solo los resultados de Ensembl
  • Tiempo de ejecución reducido para gget info y gget seq

Versión ≥ 0.3.11 (7 de septiembre de 2022):

Versión ≥ 0.3.10 (2 de septiembre de 2022):

Versión ≥ 0.3.9 (25 de agosto de 2022):

  • Instrucciones de instalación de openmm actualizadas para gget alphafold

Versión ≥ 0.3.8 (12 de agosto de 2022):

  • Se corrigieron los requisitos de versión de mysql-connector-python

Versión ≥ 0.3.7 (9 de agosto de 2022):

Versión ≥ 0.3.5 (6 de agosto de 2022):

Versión ≥ 0.2.6 (7 de julio de 2022):

  • ¡gget ref ahora admite genomas de plantas! 🌱

Versión ≥ 0.2.5 (30 de junio de 2022):

  • NOTA: UniProt cambió la estructura de su API el 28 de junio de 2022. Actualice a la versión gget ≥ 0.2.5 si usa alguno de los módulos que consultan datos de UniProt (gget info y gget seq).

Versión ≥ 0.2.3: (26 de junio de 2022):

  • JSON ahora es el formato de regreso predeterminado para la Terminal para los módulos que anteriormente devolvían el formato de data frame (CSV) (el formato se puede convertir a data frame/CSV usando la bandera [-csv][--csv]). El formato data frame/CSV sigue siendo el formato de regreso predeterminada para Python (Jupyter Lab/Google Colab) (y se puede convertir a JSON con json=True).
  • Para todos los módulos, el primer parámetro requerido se convirtió en un parámetro posicional y ya no debe nombrarse en la línea de comandos, p. ej. gget ref -s human → gget ref human.
  • gget info: [--expand] está en desuso. El módulo ahora siempre devolverá toda la información disponible.
  • Ligeros cambios en la salida devuelta por gget info, incluida la devolución de los ID de Ensembl versionados.
  • gget info y gget seq ahora son compatibles con las IDs de WormBase y FlyBase.
  • Ahora también se pueden ingresar IDs de tipo Ensembl a gget archs4 y gget enrichr con la bandera [-e][--ensembl] (ensembl=True para Python (Jupyter Lab / Google Colab)).
  • El parámetro seqtype de gget seq fue reemplazado por la bandera [-t][--translate] (translate=True/False para Python (Jupyter Lab / Google Colab)) que devolverá secuencias de nucleótidos (False) o aminoácidos (True).
  • El parámetro seqtype de gget search se renombró a id_type (aún tomando los mismos parámetros 'gene' o 'transcript').