✨ ¡Lo más reciente!

Versión ≥ 0.28.4 (31 de enero de 2024):

  • gget setup: soluciona el error con la ruta del archivo al ejecutar gget.setup("elm") en el sistema operativo Windows.

Versión ≥ 0.28.3 (22 de enero de 2024):

  • gget search y gget ref ahora también admiten hongos 🍄, protistas 🌝 y metazoos de invertebrados 🐝 🐜 🐌 🐙 (además de vertebrados y plantas)
  • Nuevo módulo: gget cosmic
  • gget enrichr: corrige puntos de dispersión duplicados en el gráfico cuando los nombres de las rutas están duplicados
  • gget elm:
    • Se cambió el nombre de la columna de resultados orto 'Ortholog_UniProt_ID' a 'Ortholog_UniProt_Acc' para reflejar correctamente el contenido de la columna, que son accesos de UniProt. 'UniProt ID' se cambió a 'UniProt Acc' en la documentación para todos los módulos gget.
    • Se cambió el nombre de la columna de resultados ortogonales 'motif_in_query' a 'motif_inside_subject_query_overlap'.
    • Se agregó información del dominio de interacción a los resultados (nuevas columnas: "InteractionDomainId", "InteractionDomainDescription", "InteractionDomainName").
    • La cadena de expresiones regulares para coincidencias de expresiones regulares se encapsuló de la siguiente manera: "(?=(regex))" (en lugar de pasar directamente la cadena de expresiones regulares "regex") para permitir capturar todas las apariciones de un motivo cuando la longitud del motivo es variable y hay son repeticiones en la secuencia (https://regex101.com/r/HUWLlZ/1).
  • gget setup: utilice el argumento out para especificar un directorio en el que se descargará la base de datos ELM. Completa esta solicitud de función.
  • gget Diamond: El comando DIAMOND ahora se ejecuta con el indicador --ignore-warnings, lo que permite secuencias de nicho, como secuencias de aminoácidos que solo contienen caracteres de nucleótidos y secuencias repetidas. Esto también es válido para las alineaciones DIAMOND realizadas dentro de gget elm.
  • Cambio de back-end de gget ref y gget search: la versión actual de Ensembl se obtiene del nuevo archivo de versión en el sitio FTP de Ensembl para evitar errores durante la carga de nuevos lanzamientos.
  • gget search:
    • Los resultados del enlace FTP (--ftp) se guardan en formato de archivo txt en lugar de json.
    • Se corrigieron enlaces URL al resumen de genes de Ensembl para especies con un nombre de subespecie e invertebrados.
  • gget ref:
    • Cambios de back-end para aumentar la velocidad.
    • Nuevo argumento: list_iv_species para enumerar todas las especies de invertebrados disponibles (se puede combinar con el argumento release para obtener todas las especies disponibles de una liberación específica de Ensembl)

Versión ≥ 0.28.2 (15 de noviembre de 2023):

  • gget info: devuelve un mensaje de error cuando el servidor NCBI falla por un motivo distinto a un error de recuperación (esto es un error en el lado del servidor en lugar de un error con gget)
  • Reemplace el argumento obsoleto 'texto' para los métodos de tipo find() siempre que se usen con la dependencia BeautifulSoup
  • gget elm: Elimina instancias de falsos positivos y verdaderos negativos de los resultados devueltos.
  • gget elm: agrega el argumento expand

Versión ≥ 0.28.0 (5 de noviembre de 2023):

  • Documentación actualizada de gget muscle para agregar un tutorial sobre cómo visualizar secuencias con diferentes longitudes de nombres de secuencia + ligero cambio en la visualización devuelta para que sea un poco más sólida ante diferentes nombres de secuencia
  • gget muscle ahora también permite una lista de secuencias como entrada (como alternativa a proporcionar la ruta a un archivo FASTA)
  • Permitir filtro de genes faltante para gget cellxgene (corrige error)
  • gget seq: permite nombres de genes faltantes (correccione [https://github.com/pachterlab/gget/issues/107](https://github.com/pachterlab/gget /números/107))
  • Nuevos argumentos para gget enrichr: use el argumento kegg_out y kegg_rank para crear una imagen de la vía KEGG con los genes del análisis de enriquecimiento resaltados (gracias a [este PR](https ://github.com/pachterlab/gget/pull/106) por Noriaki Sato)
  • Nuevos módulos: gget elm y gget Diamond

Versión ≥ 0.27.9 (7 de agosto de 2023):

  • Nuevos argumentos para gget enrichr: use el argumento background_list para proporcionar una lista de genes 'background'
  • gget search ahora también busca sinónimos Ensembl (además de nombres y descripciones de genes) para obtener resultados de búsqueda más completos (gracias a Samuel Klein por la sugerencia)

Versión ≥ 0.27.8 (12 de julio de 2023):

  • Nuevo argumento para gget search: especifique la versión de Ensembl desde la cual se obtiene la información con -r --release
  • Se corrigió un error en gget pdb (este error se introdujo en la versión 0.27.5)

Versión ≥ 0.27.7 (15 de mayo de 2023):

Versión ≥ 0.27.6 (1 de mayo de 2023) (TIRO debido a problemas con las dependencias -> reemplazada por la versión 0.27.7):

Versión ≥ 0.27.5 (6 de abril de 2023):

  • Se actualizó gget search para que funcione correctamente con la nueva versión de Pandas 2.0.0 (lanzado el 3 de abril de 2023), además de versiones anteriores de Pandas
  • Se actualizó gget info con nuevos banderas uniprot y ncbi que permiten desactivar los resultados de estas bases de datos de forma independiente para ahorrar tiempo de ejecución (nota: el indicador ensembl_only quedó obsoleto)
  • Todos los módulos gget ahora tienen una bandera -q / --quiet (para Python: verbose=False) para desactivar la información de progreso

Versión ≥ 0.27.4 (19 de marzo de 2023):

Versión ≥ 0.27.3 (11 de marzo de 2023):

  • gget info excluye los ID de PDB de forma predeterminada para aumentar la velocidad (los resultados de PDB se pueden incluir usando la marca --pdb / pdb=True).

Versión ≥ 0.27.2 (1 de enero de 2023):

Versión ≥ 0.27.0 (10 de diciembre de 2022):

  • Se actualizó gget alphafold para que coincida con los cambios recientes de DeepMind
  • Número de versión actualizado para que coincida con la edad de el creador de gget siguiendo una larga tradición de laboratorio de Pachter

Versión ≥ 0.3.13 (11 de noviembre de 2022):

Versión ≥ 0.3.12 (10 de noviembre de 2022):

  • gget info ahora también devuelve datos de localización subcelular de UniProt
  • El nuevo indicador gget info ensembl_only devuelve solo los resultados de Ensembl
  • Tiempo de ejecución reducido para gget info y gget seq

Versión ≥ 0.3.11 (7 de septiembre de 2022):

Versión ≥ 0.3.10 (2 de septiembre de 2022):

Versión ≥ 0.3.9 (25 de agosto de 2022):

  • Instrucciones de instalación de openmm actualizadas para gget alphafold

Versión ≥ 0.3.8 (12 de agosto de 2022):

  • Se corrigieron los requisitos de versión de mysql-connector-python

Versión ≥ 0.3.7 (9 de agosto de 2022):

Versión ≥ 0.3.5 (6 de agosto de 2022):

Versión ≥ 0.2.6 (7 de julio de 2022):

  • ¡gget ref ahora admite genomas de plantas! 🌱

Versión ≥ 0.2.5 (30 de junio de 2022):

  • NOTA: UniProt cambió la estructura de su API el 28 de junio de 2022. Actualice a la versión gget ≥ 0.2.5 si usa alguno de los módulos que consultan datos de UniProt (gget info y gget seq).

Versión ≥ 0.2.3: (26 de junio de 2022):

  • JSON ahora es el formato de regreso predeterminado para la Terminal para los módulos que anteriormente devolvían el formato de data frame (CSV) (el formato se puede convertir a data frame/CSV usando la bandera [-csv][--csv]). El formato data frame/CSV sigue siendo el formato de regreso predeterminada para Python (Jupyter Lab/Google Colab) (y se puede convertir a JSON con json=True).
  • Para todos los módulos, el primer parámetro requerido se convirtió en un parámetro posicional y ya no debe nombrarse en la línea de comandos, p. ej. gget ref -s human → gget ref human.
  • gget info: [--expand] está en desuso. El módulo ahora siempre devolverá toda la información disponible.
  • Ligeros cambios en la salida devuelta por gget info, incluida la devolución de los ID de Ensembl versionados.
  • gget info y gget seq ahora son compatibles con las IDs de WormBase y FlyBase.
  • Ahora también se pueden ingresar IDs de tipo Ensembl a gget archs4 y gget enrichr con la bandera [-e][--ensembl] (ensembl=True para Python (Jupyter Lab / Google Colab)).
  • El parámetro seqtype de gget seq fue reemplazado por la bandera [-t][--translate] (translate=True/False para Python (Jupyter Lab / Google Colab)) que devolverá secuencias de nucleótidos (False) o aminoácidos (True).
  • El parámetro seqtype de gget search se renombró a id_type (aún tomando los mismos parámetros 'gene' o 'transcript').