Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (
--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera-h--help.
gget muscle 🦾
Alinea múltiples secuencias de nucleótidos o aminoácidos usando el algoritmo Muscle5.
Regresa: Salida estándar (STDOUT) en formato ClustalW o archivo de tipo 'aligned FASTA' (.afa).
Parámetro posicional
fasta
Lista de secuencias o ruta al archivo FASTA o .txt que contiene las secuencias de nucleótidos o aminoácidos que se van a alinear.
Parámetros optionales
-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.afa. Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.
Banderas
-s5 --super5
Alinea las secuencies usando el algoritmo Super5 en lugar del algoritmo Parallel Perturbed Probcons (PPP) para disminuir el tiempo y la memoria usada durante la corrida.
Use para ingresos grandes (unos cientos secuencias).
-q --quiet
Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.
Para Python, usa verbose=False para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.
Por ejemplo
gget muscle MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLAS MSSSSWLLLSLVEVTAAQSTIEQQAKTFLDKFHEAEDLFYQSLLAS
# Python
gget.muscle(["MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLAS", "MSSSSWLLLSLVEVTAAQSTIEQQAKTFLDKFHEAEDLFYQSLLAS"])
gget muscle fasta.fa
# Python
gget.muscle("fasta.fa")
→ Regresa las secuencias alineadas con coloración ClustalW. (Para devolver un archivo FASTA alineado (.afa), use el argumento --out (o save=True en Python).) En este ejemplo, el archivo 'fasta.fa' incluye varias secuencias para alineación (por ejemplo, isoformas devueltas desde gget seq).
También puede ver archivos FASTA alineados devueltos por gget.muscle usando programas como alv:
# Python
!pip install biopython
!pip install alv
from Bio import AlignIO
import alv
gget.muscle("fasta.fa", out="fasta_aligned.afa")
msa = AlignIO.read("fasta_aligned.afa", "fasta")
alv.view(msa)