Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget muscle 🦾

Alinea múltiples secuencias de nucleótidos o aminoácidos usando el algoritmo Muscle5.
Regresa: Salida estándar (STDOUT) en formato ClustalW o archivo de tipo 'aligned FASTA' (.afa).

Parámetro posicional
fasta
Lista de secuencias o ruta al archivo FASTA o .txt que contiene las secuencias de nucleótidos o aminoácidos que se van a alinear.

Parámetros optionales
-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.afa. Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Banderas
-s5 --super5
Alinea las secuencies usando el algoritmo Super5 en lugar del algoritmo Parallel Perturbed Probcons (PPP) para disminuir el tiempo y la memoria usada durante la corrida.
Use para ingresos grandes (unos cientos secuencias).

-q --quiet
Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.
Para Python, usa verbose=False para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.

Por ejemplo

gget muscle MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLAS MSSSSWLLLSLVEVTAAQSTIEQQAKTFLDKFHEAEDLFYQSLLAS

# Python
gget.muscle(["MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLAS", "MSSSSWLLLSLVEVTAAQSTIEQQAKTFLDKFHEAEDLFYQSLLAS"])

gget muscle fasta.fa

# Python
gget.muscle("fasta.fa")

→ Regresa las secuencias alineadas con coloración ClustalW. (Para devolver un archivo FASTA alineado (.afa), use el argumento --out (o save=True en Python).) En este ejemplo, el archivo 'fasta.fa' incluye varias secuencias para alineación (por ejemplo, isoformas devueltas desde gget seq).

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También puede ver archivos FASTA alineados devueltos por gget.muscle usando programas como alv:

# Python
!pip install biopython
!pip install alv
from Bio import AlignIO
import alv

gget.muscle("fasta.fa", out="fasta_aligned.afa")
msa = AlignIO.read("fasta_aligned.afa", "fasta")
alv.view(msa)

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