Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget pdb 🔮

Obtenga la estructura o los metadatos de una proteína usando data de RCSB Protein Data Bank (PDB).
Regresa: El archivo 'pdb' se regresa en formato PDB. Todos los demás datos se regresan en formato JSON.

Parámetro posicional
pdb_id
ID del tipo PDB, p. ej. '7S7U'.

Parámetros optionales
-r --resource
Define el tipo de información a regresar. Uno de los siguientes:
'pdb': Regresa la estructura de la proteína en formato PDB (regresa por defecto).
'entry': Regresa información sobre las estructuras PDB en el nivel superior de la organización de datos PDB jerárquicos.
'pubmed': Regresa anotaciones de PubMed (datos integrados de PubMed) para la cita principal de un ID PDB.
'assembly': Regresa información sobre estructuras PDB en el nivel de estructura cuaternaria.
'branched_entity': Regresa la descripción de la entidad ramificada (defina el ID de la entidad como identifier).
'nonpolymer_entity': Regresa datos de entidades no poliméricas (defina el ID de la entidad como identifier).
'polymer_entity': Regresa datos de entidades poliméricas (defina el ID de la entidad como identifier).
'uniprot': Regresa anotaciones UniProt para una entidad macromolecular (defina el ID de la entidad como identifier).
'branched_entity_instance': Regresa la descripción de instancia de entidad ramificada (defina el ID de cadena como identifier).
'polymer_entity_instance': Regresa datos de instancia de entidad polimérica (también conocida como cadena) (defina el ID de cadena como identifier).
'nonpolymer_entity_instance': Regresa datos de instancia de entidad no polimérica (defina el ID de cadena como identifier).

-i --identifier
Este parámetro se puede utilizar para definir el ID de ensamblaje, entidad o cadena (po defecto: None). Los IDs de ensamblaje/entidad son números (p. ej., 1) y los IDs de cadena son letras (p. ej., 'A').

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/7S7U.pdb (o 7S7U_entry.json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Por ejemplo

gget pdb 7S7U -o 7S7U.pdb

# Python
gget.pdb("7S7U", save=True)

→ Guarda la estructura de 7S7U en formato PDB como '7S7U.pdb' en el directorio de trabajo actual.

Encuentre estructuras cristalinas de PDB para un análisis comparativo de la estructura de proteínas:

# Encuentre IDs de PDB asociados con un ID de Ensembl
gget info ENSG00000130234

# Alternativamente: como que muchas entradas en el PDB no tienen ID de Ensembl vinculados,
# es probable que encuentre más entradas de PDB BLASTing la secuencia contra el PDB:

# Obtenga la secuencia de aminoácidos
gget seq --translate ENSG00000130234 -o gget_seq_results.fa

# BLAST la secuencia de aminoácidos para encontrar estructuras similares en el PDB
gget blast --database pdbaa gget_seq_results.fa

# Obtenga archivos PDB de los IDs de PDB regresados por gget blast para un análisis comparativo
gget pdb 7DQA -o 7DQA.pdb
gget pdb 7CT5 -o 7CT5.pdb

# Encuentre IDs de PDB asociados con un ID de Ensembl
gget.info("ENSG00000130234")

# Alternativamente: como que muchas entradas en el PDB no tienen ID de Ensembl vinculados,
# es probable que encuentre más entradas de PDB BLASTing la secuencia contra el PDB:

# Obtenga la secuencia de aminoácidos
gget.seq("ENSG00000130234", translate=True, save=True)

# BLAST la secuencia de aminoácidos para encontrar estructuras similares en el PDB
gget.blast("gget_seq_results.fa", database="pdbaa")

# Obtenga archivos PDB de los IDs de PDB regresados por gget blast para un análisis comparativo
gget.pdb("7DQA", save=True)
gget.pdb("7CT5", save=True)

→ Este caso de uso ejemplifica cómo encontrar archivos PDB para un análisis comparativo de la estructura de las proteínas asociado con IDs de Ensembl o secuencias de aminoácidos. Los archivos PDB obtenidos también se pueden comparar con las estructuras predichas generadas por gget alphafold. Los archivos PDB se pueden ver de forma interactiva en 3D aquí, o usando programas como PyMOL o Blender. Múltiple archivos PDB se pueden visualizar para comparación aquí.

Más ejemplos

Citar

Si utiliza gget pdb en una publicación, favor de citar los siguientes artículos:

  • Luebbert, L., & Pachter, L. (2023). Efficient querying of genomic reference databases with gget. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836

  • Berman HM, Westbrook J, Feng Z, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H, Shindyalov IN, Bourne PE. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):235-42. doi: 10.1093/nar/28.1.235. PMID: 10592235; PMCID: PMC102472.