Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Las banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget blast 💥

BLAST una secuencia de nucleótidos o aminoácidos a cualquier base de datos BLAST.
Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).

Parámetro posicional
sequence
Secuencia de nucleótidos o aminoácidos, o una ruta a un archivo tipo FASTA o .txt.

Parámetros optionales
-p --program
'blastn', 'blastp', 'blastx', 'tblastn', o 'tblastx'.
Por defecto: 'blastn' para secuencias de nucleótidos; 'blastp' para secuencias de aminoácidos.

-db --database
'nt', 'nr', 'refseq_rna', 'refseq_protein', 'swissprot', 'pdbaa', o 'pdbnt'.
Por defecto: 'nt' para secuencias de nucleótidos; 'nr' para secuencias de aminoácidos.
Más información sobre los bases de datos BLAST

-l --limit
Limita el número de resultados producidos. Por defecto: 50.

-e --expect
Define el umbral de 'expect value'. Por defecto: 10.0.

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Banderas
-lcf --low_comp_filt
Activa el 'low complexity filter' (filtro de baja complejidad).

-mbo --megablast_off
Desactiva el algoritmo MegaBLAST. Por defecto: MegaBLAST esta activado (solo aplicable para blastn).

-csv --csv
Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.
Para Python, usa json=True para producir los resultados en formato JSON.

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

wrap_text
Solo para Python. wrap_text=True muestra los resultados con texto envuelto para facilitar la lectura (por defecto: False).

Por ejemplo

gget blast MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR

# Python
gget.blast("MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR")

→ Produce los resultados BLAST de la secuencia de interés. gget blast automáticamente detecta esta secuencia como una secuencia de aminoácidos y, por lo tanto, establece el programa BLAST en blastp con la base de datos nr.

BLAST desde un archivo .fa o .txt:

gget blast fasta.fa

# Python
gget.blast("fasta.fa")

→ Produce los resultados BLAST de la primera secuencia contenida en el archivo 'fasta.fa'.

Más ejemplos

Citar

Si utiliza gget blast en una publicación, favor de citar los siguientes artículos:

• Luebbert, L., & Pachter, L. (2023). Efficient querying of genomic reference databases with gget. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836

• Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10. doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID: 2231712.