gget cellxgene

Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Las banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget cellxgene 🍱

Query data de la base de datos CZ CELLxGENE Discover usando CZ CELLxGENE Discover Census.
Produce: Un objeto AnnData que contiene la matriz de recuentos de genes y los metadatos de resultados de single cell RNA-seq de los tejidos/genes/etcetera previamente definidos.

Antes de usar gget cellxgene por primera vez, corre gget setup cellxgene / gget.setup("cellxgene") (ver también gget setup).

Parámetros opcionales
-s --species
'homo_sapiens' o 'mus_musculus'. Por defecto: 'homo_sapiens'.

-g --gene
Str o lista de genes de interés o ID(s) tipo Ensembl. Por defecto: None (ninguno).
Atención: Utilice la bandera -e / --ensembl (Python: ensembl=True) cuando ingrese ID(s) tipo Ensembl.
Ver https://cellxgene.cziscience.com/gene-expression para ejemplos de genes.

-cv --census_version
Versión del CZ CELLxGENE Discover Census (str), p. ej. "2023-05-15", o "latest" (ultima) o "stable" (estable). Por defecto: "stable" (estable).

-cn --column_names
Lista de columnas de metadatos a obtener (almacenadas en AnnData.obs).
Por defecto: ['dataset_id', 'assay', 'suspension_type', 'sex', 'tissue_general', 'tissue', 'cell_type']
Para más opciones, ver: https://api.cellxgene.cziscience.com/curation/ui/#/ -> 'Schemas' -> 'dataset'

-o --out
Ruta al archivo para guardar el objeto AnnData formato .h5ad (o .csv con bandera -mo / --meta_only).
¡Requerido cuando se usa desde Terminal!

Banderas
-e --ensembl
Usa esta bandera si gene se ingresa como ID tipo Ensembl.

-mo --meta_only
Solo produce la tabla (Dataframe) con metadatos (corresponde a AnnData.obs).

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Parámetros opcionales correspondientes a los atributos de metadatos de CZ CELLxGENE Discover
--tissue
Str o lista de tejido(s), p. ej. ['lung', 'blood']. Por defecto: None.
Ver https://cellxgene.cziscience.com/gene-expression para ejemplos de tejidos.

--cell_type
Str o lista de tipo(s) de célula(s), p. ej. ['mucus secreting cell', 'neuroendocrine cell']. Por defecto: None.
Ver https://cellxgene.cziscience.com/gene-expression y seleccione un tejido para ejemplos de tipos de células.

--development_stage
Str o lista de etapa(s) de desarrollo. Por defecto: None.

--disease
Str o lista de enfermedad(es). Por defecto: None.

--sex
Str o lista de sexo(s), p. ej. 'female' (femenina). Por defecto: None.

--dataset_id
Str o lista de CELLxGENE ID(s). Por defecto: None.

--tissue_general_ontology_term_id
Str o lista de tejido(s) del tipo high-level UBERON ID. Por defecto: None.
Tejidos y sus IDs tipo UBERON se enumeran aquí.

--tissue_general
Str o lista de tejido(s) del tipo high-level. Por defecto: None.
Tejidos y sus IDs de UBERON se enumeran aquí.

--tissue_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'tissue ontology term' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--assay_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'assay ontology term' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--assay
Str o lista de 'assays' (métodos) como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--cell_type_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'celltype ontology term' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--development_stage_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'development stage ontology term' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--disease_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'disease ontology term' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--donor_id
Str o lista de ID(s) de 'donor' (donador) como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--self_reported_ethnicity_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'self-reported ethnicity ontology' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--self_reported_ethnicity
Str o lista de etnias autoinformadas como están definidas en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--sex_ontology_term_id
Str o lista de ID(s) de 'sex ontology' como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

--suspension_type
Str o lista de tipo(s) de suspensión como están definidos en el esquema de datos del CELLxGENE. Por defecto: None.

Ejemplo

gget cellxgene --gene ACE2 ABCA1 SLC5A1 --tissue lung --cell_type 'mucus secreting cell' 'neuroendocrine cell' -o example_adata.h5ad

# Python
adata = gget.cellxgene(
    gene = ["ACE2", "ABCA1", "SLC5A1"],
    tissue = "lung",
    cell_type = ["mucus secreting cell", "neuroendocrine cell"]
)
adata

→ Produce un objeto AnnData que contiene la matriz de recuentos de scRNAseq de los genes ACE2, ABCA1 y SLC5A1 en 3322 células secretoras de mucosidad y neuroendocrinas pulmonares humanas y sus metadatos correspondientes.

Obtiene solo los metadatos (corresponde a AnnData.obs):

gget cellxgene --meta_only --gene ENSMUSG00000015405 --ensembl --tissue lung --species mus_musculus -o example_meta.csv

# Python
df = gget.cellxgene(
    meta_only = True,
    gene = "ENSMUSG00000015405",
    ensembl = True,
    tissue = "lung",  
    species = "mus_musculus"
)
df

→ Produce solo los metadatos de los conjuntos de datos de ENSMUSG00000015405 (ACE2), los cuales corresponden a células pulmonares murinas.

Ver también: https://chanzuckerberg.github.io/cellxgene-census/notebooks/api_demo/census_gget_demo.html