Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget bgee 🐝

Obtenga datos de ortología y expresión genética de Bgee utilizando IDs de Ensembl.
Resultado: JSON/CSV (línea de comandos) o marco de datos (Python).

Si estás interesado específicamente en datos de expresión génica humana, considera usar gget opentargets o gget archs4 en su lugar. gget bgee tiene menos datos, pero admite más especies.

Este módulo fue escrito por Sam Wagenaar.

Argumento posicional
ens_id
ID de gen Ensembl, por ejemplo, ENSG00000169194 o ENSSSCG00000014725.

NOTA: Algunas de las especies en Bgee no están en Ensembl, y para ellas puede utilizar los ID de genes del NCBI, p. 118215821 (un gen en Anguilla anguilla).

Argumentos requeridos
-t --type
Tipo de datos a obtener. Opciones: orthologs, expression.

Argumentos opcionales
-o --out
Ruta al archivo JSON donde se guardarán los resultados, por ejemplo, path/to/directory/results.json. Por defecto: Salida estándar.

Banderas
-csv --csv
Solo en línea de comandos. Devuelve la salida en formato CSV, en lugar de formato JSON.
Python: Usa json=True para devolver la salida en formato JSON.

-q --quiet
Solo en línea de comandos. Evita que se muestre la información de progreso.
Python: Usa verbose=False para evitar que se muestre la información de progreso.

Ejemplos

Obtener ortólogos para un gen

gget bgee ENSSSCG00000014725 -t orthologs

import gget
gget.bgee("ENSSSCG00000014725", type="orthologs")

→ Devuelve ortólogos para el gen con el ID de Ensembl ENSSSCG00000014725.

gene_id	gene_name	species_id	genus	species
734881	hbb1	8355	Xenopus	laevis
ENSFCAG00000038029	LOC101098159	9685	Felis	catus
ENSBTAG00000047356	LOC107131172	9913	Bos	taurus
ENSOARG00000019163	LOC101105437	9940	Ovis	aries
ENSXETG00000025667	hbg1	8364	Xenopus	tropicalis
...	...	...	...	...

Obtener datos de expresión génica para un gen

gget bgee ENSSSCG00000014725 -t expression

import gget
gget.bgee("ENSSSCG00000014725", type="expression")

→ Devuelve datos de expresión génica para el gen con el ID de Ensembl ENSSSCG00000014725.

anat_entity_id	anat_entity_name	score	score_confidence	expression_state
UBERON:0000178	blood	99.98	high	expressed
UBERON:0002106	spleen	99.96	high	expressed
UBERON:0002190	subcutaneous adipose tissue	99.70	high	expressed
UBERON:0005316	endocardial endothelium	99.61	high	expressed
UBERON:0002107	liver	99.27	high	expressed
...	...	...	...	...

Más ejemplos

Citar

Si utiliza gget bgee en una publicación, favor de citar los siguientes artículos:

Luebbert, L., & Pachter, L. (2023). Efficient querying of genomic reference databases with gget. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836
Frederic B Bastian, Julien Roux, Anne Niknejad, Aurélie Comte, Sara S Fonseca Costa, Tarcisio Mendes de Farias, Sébastien Moretti, Gilles Parmentier, Valentine Rech de Laval, Marta Rosikiewicz, Julien Wollbrett, Amina Echchiki, Angélique Escoriza, Walid H Gharib, Mar Gonzales-Porta, Yohan Jarosz, Balazs Laurenczy, Philippe Moret, Emilie Person, Patrick Roelli, Komal Sanjeev, Mathieu Seppey, Marc Robinson-Rechavi (2021). The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals. Nucleic Acids Research, Volume 49, Issue D1, 8 January 2021, Pages D831–D847, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa793