gget

Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Las banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget diamond 💎

Alinee múltiples proteínas o secuencias de ADN traducidas usando DIAMOND (DIAMOND es similar a BLAST, pero este es un cálculo local).
Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).

Parámetro posicional
query
Secuencia(s) (str o lista) de aminoácidos, o una ruta a un archivo tipo FASTA.

Parámetro requerido
-ref --reference
Secuencias de aminoácidos de referencia (str o lista), o una ruta a un archivo tipo FASTA.

Parámetros optionales
-db --diamond_db
Ruta para guardar la base de datos DIAMOND creada a partir de reference (str).
Por defecto: None -> El archivo de base de datos DIAMOND temporal se eliminará después de la alineación o se guardará en out si se proporciona out.

-s --sensitivity
Sensibilidad de la alineación (str). Por defecto: "very-sensitive" (muy sensible).
Uno de los siguientes: fast, mid-sensitive, sensitive, more-sensitive, very-sensitive, or ultra-sensitive.

-t --threads
Número de hilos de procesamiento utilizados (int). Por defecto: 1.

-db --diamond_binary
Ruta al binario DIAMOND (str). Por defecto: None -> Utiliza el binario DIAMOND instalado automáticamente con gget.

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados (str), p. ej. "ruta/al/directorio". Por defecto: salida estándar (STDOUT); los archivos temporales se eliminan.

Banderas
-u --uniprot
Use esta bandera cuando sequence es un ID de Uniprot en lugar de una secuencia de aminoácidos.

-csv --csv
Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.
Para Python, usa json=True para producir los resultados en formato JSON.

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Ejemplo

# !!! Asegúrese de enumerar primero el argumento posicional aquí para que no se agregue como secuencia de referencia
gget diamond GGETISAWESQME ELVISISALIVE LQVEFRANKLIN PACHTERLABRQCKS -ref GGETISAWESQMEELVISISALIVELQVEFRANKLIN PACHTERLABRQCKS

# Python
gget.diamond(["GGETISAWESQME", "ELVISISALIVE", "LQVEFRANKLIN", "PACHTERLABRQCKS"], reference=["GGETISAWESQMEELVISISALIVELQVEFRANKLIN", "PACHTERLABRQCKS"])

→ Produce los resultados de la alineación en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV:

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