gget

Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Las banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget cosmic 🪐

Busque genes, mutaciones, etc. asociados con cánceres utilizando la base de datos COSMIC (Catálogo de mutaciones somáticas en cáncer).
Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).
gget cosmic fue escrito por @AubakirovArman.

Parámetro posicional
searchterm
Término de búsqueda. Puede ser una mutación, un nombre de gen (o ID de Ensembl), tipo de cáncer, sitio del tumor, ID de estudio, ID de PubMed o ID de muestra, tal como se define con el argumento entity. Ejemplo: 'EGFR'

Parámetros optionales
-e --entity
'mutations' (mutación), 'genes' (nombre de gen / ID de Ensembl), 'cancer' (tipo de cáncer), 'tumour site' (sitio del tumor), 'studies' (ID de estudio), 'pubmed' (ID de PubMed), o 'samples' (ID de muestra). Por defecto: 'mutations'.
Define el tipo de término de búsqueda (searchterm).

-l --limit
Limita el número de resultados producidos. Por defecto: 100.

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Banderas
-csv --csv Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.
Para Python, usa json=True para producir los resultados en formato JSON.

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Por ejemplo

gget cosmic -e genes EGFR

# Python
gget.cosmic("EGFR", entity="genes")

→ Produce los resultados COSMIC para el gen 'EGFR':