Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (
--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera-h--help.
gget seq 🧬
Obtenga la(s) secuencia(s) nucleótidos o aminoácidos de un gen (y todas sus isoformas) con su ID de Ensembl.
Regresa: Archivo de tipo FASTA.
Parámetro posicional
ens_ids
One or more Ensembl IDs.
Parámetros optionales
-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ruta/al/directorio/resultados.fa. Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.
Banderas
-t --translate
Regresa secuencias de aminoácidos (en lugar de nucleótidos).
Las secuencias de nucleótidos se obtienen de Ensembl.
Las secuencias de aminoácidos se obtienen de UniProt.
-iso --isoforms
Regresa las secuencias de todas las transcripciones conocidas.
(Solo para IDs de genes).
-q --quiet
Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.
Para Python, usa verbose=False para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.
Por ejemplo
gget seq ENSG00000034713 ENSG00000104853 ENSG00000170296
# Python
gget.seq(["ENSG00000034713", "ENSG00000104853", "ENSG00000170296"])
→ Regresa las secuencias de nucleótidos de ENSG00000034713, ENSG00000104853, y ENSG00000170296 en formato FASTA.
gget seq -t -iso ENSG00000034713
# Python
gget.seq("ENSG00000034713", translate=True, isoforms=True)
→ Regresa las secuencias de aminoácidos de todas las transcripciones conocidas de ENSG00000034713 en formato FASTA.