gget

Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget elm 🎭

Prediga localmente motivos lineales eucarióticos (ELMs) a partir de una secuencia de aminoácidos o UniProt Acc utilizando datos de la base de datos ELM.
Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python). Este módulo devuelve dos tipos de resultados (ver ejemplos).

Los datos de ELM se pueden descargar y distribuir para uso no comercial de acuerdo con el acuerdo de licencia de software de ELM.

Si utiliza gget elm en una publicación, favor de citar:

• Laura Luebbert, Chi Hoang, Manjeet Kumar, Lior Pachter, Fast and scalable querying of eukaryotic linear motifs with gget elm, Bioinformatics, 2024, btae095, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae095
• Manjeet Kumar, et al., The Eukaryotic Linear Motif resource: 2022 release, Nucleic Acids Research, Volume 50, Issue D1, 7 January 2022, Pages D497–D508, https://doi.org/10.1093/nar/gkab975

Antes de usar gget elm por primera vez, ejecute gget setup elm / gget.setup("elm") una vez (consulte también gget setup).

Parámetro posicional
sequence
Secuencia de aminoácidos o Uniprot Acc (str).
Al proporcionar una Uniprot Acc, use la bandera --uniprot (Python: uniprot=True).

Parámetros optionales
-s sensitivity
Sensibilidad de la alineación DIAMOND (str). Por defecto: "very-sensitive" (muy sensible).
Uno de los siguientes: fast, mid-sensitive, sensitive, more-sensitive, very-sensitive, or ultra-sensitive.

-t threads
Número de hilos de procesamiento utilizados en la alineación de secuencias con DIAMOND (int). Por defecto: 1.

-bin diamond_binary
Ruta al binario DIAMOND (str). Por defecto: None -> Utiliza el binario DIAMOND instalado automáticamente con gget.

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados (str), p. ej. "ruta/al/directorio". Por defecto: salida estándar (STDOUT); los archivos temporales se eliminan.

Banderas
-u --uniprot
Use esta bandera cuando sequence es una Uniprot Acc en lugar de una secuencia de aminoácidos.

-e --expand
Amplíe la información devuelta en el marco de datos de expresiones regulares para incluir los nombres de proteínas, los organismos y las referencias en las que se validó originalmente el motivo.

-csv --csv
Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.
Para Python, usa json=True para producir los resultados en formato JSON.

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Ejemplo

Encuentre ELM en una secuencia de aminoácidos:

gget setup elm          # Descarga/actualiza la base de datos ELM local
gget elm -o gget_elm_results LIAQSIGQASFV

# Python
gget.setup(“elm”)      # Descarga/actualiza la base de datos ELM local
ortholog_df, regex_df = gget.elm("LIAQSIGQASFV")

Encuentre ELM que proporcionen a una UniProt Acc:

gget setup elm          # Descarga/actualiza la base de datos ELM local
gget elm -o gget_elm_results --uniprot Q02410 -e

# Python
gget.setup(“elm”)      # Descarga/actualiza la base de datos ELM local
ortholog_df, regex_df = gget.elm("Q02410", uniprot=True, expand=True)

→ Produce dos resultados con información extensa sobre ELMs asociados con proteínas ortólogas y motivos encontrados en la secuencia de entrada directamente en función de sus expresiones regex:

ortholog_df:

regex_df:

(Los motivos que aparecen en muchas especies diferentes pueden parecer repetidos, pero todas las filas deben ser únicas.)

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