gget

Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget info 💡

Obtenga información detallada sobre genes y transcripciones de Ensembl, UniProt y NCBI utilizando sus IDs del tipo Ensembl.
Regresa: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).

Parámetro posicional
ens_ids
Uno o más ID del tipo Ensembl.

Parámetros optionales
-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Banderas
-n --ncbi
DESACTIVA los resultados de NCBI.
Para Python: ncbi=False evita la incluida de datos de NCBI (por defecto: True).

-u --uniprot
DESACTIVA los resultados de UniProt.
Para Python: uniprot=False evita la incluida de datos de UniProt (por defecto: True).

-pdb --pdb
INCLUYE PDB IDs en los resultados (podría aumentar el tiempo de ejecución).
Para Python: pdb=True incluye IDs de PDB en los resultados (por defecto: False).

-csv --csv
Solo para la Terminal. Regresa los resultados en formato CSV.
Para Python, usa json=True para regresar los resultados en formato JSON.

-q --quiet
Solo para la Terminal. Impide la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.
Para Python, usa verbose=False para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la corrida.

wrap_text
Solo para Python. wrap_text=True muestra los resultados con texto envuelto para facilitar la lectura (por defecto: False).

Por ejemplo

gget info ENSG00000034713 ENSG00000104853 ENSG00000170296

# Python
gget.info(["ENSG00000034713", "ENSG00000104853", "ENSG00000170296"])

→ Regresa información detallada sobre cada ID de Ensembl ingresada:

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