Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (--parámetro) de Terminal, si no especificado de otra manera. Banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera -h --help.

gget blat 🎯

Encuentra la ubicación genómica de una secuencia de nucleótidos o aminoácidos usando BLAT.
Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python).

Parámetro posicional
sequence
Secuencia de nucleótidos o aminoácidos, o una ruta a un archivo tipo FASTA o .txt.

Parámetros optionales
-st --seqtype
'DNA', 'protein', 'translated%20RNA', o 'translated%20DNA'.
Por defecto: 'DNA' para secuencias de nucleótidos; 'protein' para secuencias de aminoácidos.

-a --assembly
Ensamblaje del genoma. 'human' (hg38) (se usa por defecto), 'mouse' (mm39) (ratón), 'zebrafish' (taeGut2) (pinzón cebra),
o cualquiera de los ensamblajes de especies disponibles aquí (use el nombre corto del ensamblado, p. ej. 'hg38').

-o --out
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa save=True para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

Banderas
-csv --csv
Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV.
Para Python, usa json=True para producir los resultados en formato JSON.

-q --quiet
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.
Para Python, usa verbose=False para impedir la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa.

Ejemplo

gget blat -a taeGut2 MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR

# Python
gget.blat("MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR", assembly="taeGut2")

→ Produce los resultados de BLAT para el ensamblaje taeGut2 (pinzón cebra). En este ejemplo, gget blat automáticamente detecta esta secuencia como una secuencia de aminoácidos y, por lo tanto, establece el tipo de secuencia (--seqtype) como proteína.

Màs ejemplos

Citar

Si utiliza gget blat en una publicación, favor de citar los siguientes artículos:

• Luebbert, L., & Pachter, L. (2023). Efficient querying of genomic reference databases with gget. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836

• Kent WJ. BLAT--the BLAST-like alignment tool. Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64. doi: 10.1101/gr.229202. PMID: 11932250; PMCID: PMC187518.