¡Bienvenidos!
gget es un programa gratuito de código fuente abierta de Terminal y Python que permite la consulta eficiente de bases de datos genómicas.
gget consiste en un conjunto de módulos separados pero interoperables, cada uno diseñado para facilitar un tipo de consulta de base de datos en una sola línea de código.
Las bases de datos consultadas por gget se actualizan continuamente, lo que a veces cambia su estructura. Los módulos gget se prueban automáticamente cada dos semanas y se actualizan para que coincidan con las nuevas estructuras de la base de datos cuando es necesario. Si encuentra algún problema, actualice a la última versión de gget usando pip install --upgrade gget. Si el problema persiste, informa el problema.
Solicitar una nueva función
Módulos gget
Estos son los módulos principales de gget. Haga clic en cualquier módulo para acceder a la documentación detallada.
| gget alphafold Predecir la estructura 3D de una proteína a partir de una secuencia de aminoácidos. |
gget archs4 ¿Cuál es la expresión de mi gen en el tejido X? |
gget bgee Encontrar todos los ortólogos de un gen. |
gget blast Realizar un BLAST de una secuencia de nucleótidos o aminoácidos. |
| gget blat Encontrar la ubicación genómica de una secuencia de nucleótidos o aminoácidos. |
gget cbio Explorar la expresión de un gen en los cánceres especificados. |
gget cellxgene Obtener matrices de conteo de ARN de células individuales listas para usar para ciertos tejidos/enfermedades/etc. |
gget cosmic Buscar genes, mutaciones y otros factores asociados con ciertos cánceres. |
| gget diamond Alinear secuencias de aminoácidos a una referencia. |
gget elm Encontrar dominios y funciones de interacción de proteínas en una secuencia de aminoácidos. |
gget enrichr Verificar si una lista de genes está asociada con un tipo celular específico/ vía/ enfermedad/ etc. |
gget info Recuperar toda la información asociada con un ID de Ensembl. |
| gget muscle Alinear múltiples secuencias de nucleótidos o aminoácidos entre sí. |
gget mutate Mutar secuencias de nucleótidos según mutaciones específicas. |
gget opentargets Explorar qué enfermedades y medicamentos están asociados con un gen. |
gget pdb Recuperar datos de la Base de Datos de Proteínas (PDB) según un ID de PDB. |
| gget ref Obtener genomas de referencia de Ensembl. |
gget search Encontrar IDs de Ensembl asociados con la palabra de búsqueda especificada. |
gget seq Recuperar la secuencia de nucleótidos o aminoácidos de un gen. |
Si usa gget en una publicación, por favor cite*:
Luebbert, L., & Pachter, L. (2023). Efficient querying of genomic reference databases with gget. Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836
Lea el artículo aquí: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac836
Gracias a Victor Garcia-Ruiz y Anna Karen Orta por su ayuda con la traduccion del sitio web.